為符合改制商業銀行資格，民國94年度辦理現金增資36億元，民國95年3月20日奉主管機關核准，並自95年5月3日更名改制為「京城商業銀行」；「京城」取自「精誠所至；金石為開」，代表新注入的服務精神。並正式啟用新的企業識別系統為台南市花之「鳳凰樹」，象徵本行立足府城、花開全台。

歷經六十年之發展，本行實收資本額已達到新台幣105億元；為拓展經營範圍，民國84年設立台北分行，為本行第一家跨區經營之分行，隨後配合主管機關解除中小企業銀行跨區遷移之限制，陸續遷移部份分行至國內各大都會區，目前共有64個營業單位遍及雲林、嘉義、台南及台北、桃園、新竹、台中和高雄地區，使本行分行據點分佈更具全國性。

在組織架構方面，配合本行營運發展與金融環境之變化，從民國96年以來陸續進行作業流程簡化與職掌功能調整，使組織趨向扁平化，以減少各項人事及管銷費用，組織效能提昇至最佳化，使本行更具競爭力。

在業務發展方面，民國88年12月奉中央銀行外匯局指定為辦理外匯業務銀行，民國89年設立國外部，並陸續增設外匯指定分行；民國91年7月成立國際金融業務分行（OBU），正式進入國際金融業務領域。另外，為推展財富管理業務，本行於民國94年11月獲金管會核准辦理財富管理業務後，配置專業理財人員及金融服務專員，為客戶提供理財規劃及服務。民國96年，將國外部、OBU（國際金融業務分行）、財務部遷到台北市，以更貼近核心金融市場。

在企業責任方面，98年董事會通過訂定本行「公益政策白皮書」，以做為推動各項公益活動之準則，依此準則本行近年來積極從事各項人文關懷、扶助弱勢團體、提倡健康環保概念等公益活動，期能深入社區，與當地民眾結合，讓客戶瞭解本行經營理念，並落實社區銀行之經營宗旨。

本行近年來之各項經營績效與業務創新，已獲得各學術研究機構評鑑肯定，並勇奪99年度金融研訓院第五屆菁業獎「最佳業務創新獎」；100年10月14日惠譽信用評等公司將本行國內長期評等由「A-(twn)」調升至「A(twn)」，展望為「穩定」，更是對本行多年來之經營成果，給予正面評價。

展望未來，本行仍持續健全財務結構、強化獲利能力、嚴控風險管理、改善作業效率與聚焦核心業務，更自我期許在公司治理、保護消費者及員工權益、環境保護及社會公益等方向，積極扮演良好企業公民的角色，成為一家穩健經營及善盡社會責任的優質銀行。